日军在马里亚纳群岛还有一个麻烦，那就是马里亚纳群岛原本是日本海军驻守，现在却调了日本陆军去驻防，而日本陆军与海军原本就不合，于是互相不买对方的帐……
这其实就是结结实实的打了东条英机一个耳关，他在兼任参谋总长时还信誓旦旦的说，由他一人领导所有的军队就可以消队军队之间的隔阂将它们团结在一起，但转眼间在马里亚纳群岛上就出现了这样的问题。
而且这问题可以说很严重。
马里亚纳需要防守的岛屿主要有五个，由南往北分别是关岛、罗塔岛、提尼安岛、塞班岛和帕甘岛。
这些岛都是面积较大的岛屿，日军的十一个机场就分布在五个岛屿上……其中有两个机场因为材料和器械不足，只以应急机场的方式建造。
因此，在分配陆军防御时就必须将陆军分散到这几个岛屿上，总指挥部设在处于中间位置且面积第二大的塞班岛（面积第一大的为关岛）。
这样就必然会出现一个问题：每个岛屿上海军、陆军军官的军衔高低不等……有些岛屿是海军军官的军衔更高，而有些岛屿却是陆军军官的军衔更高，那到底是服从谁指挥呢？！
海军说……必须听海军的，因为我们对海战及登陆战更熟悉，陆军那些土包子怎么会知道什么海空协同！
陆军却说，必须听陆军的，美国人上岸了就是打陆战，而且我们军衔高，凭什么军衔高还要听军衔低，这辈份不都乱了套了吗？
最后没办法了，丰田副武只能下令：“各岛屿以军衔为准，军衔高为该岛屿指挥官！”
这看起来是个公正的而且有用的方法，但引申出新的问题……有些岛屿是海军在指挥，有些岛屿是陆军在指挥。
换句话说，一个马里亚纳群岛五个岛屿，仅岛屿防御一项就有两套指挥系统，而这两套指挥系统还没有条理的掺杂在一起，设在塞班岛的指挥部想要对某个岛下达一个指令时，还得先查查这个岛是归陆军指挥还是归海军指挥。
这就使马里亚纳群岛的防御各自为阵形同一盘散沙。
第29师团师团长同时也是马里亚纳群岛集团军司令的高品彪中将曾经向丰田副武反应过这个问题，但丰田副武却并没有把这件事放在心上。
原因是丰田副武知道，这场仗的核心不是马里亚纳群岛的岛屿防御……如果仗打到美军能够全面进行岛屿登陆作战的时候，那么马里亚纳群岛是没有守住的希望的，即使驻岛部队再精锐、指挥再好也无济于事。
丰田副武的这种想法是对的，岛屿作战与内陆作战不同……内陆作战，在失去海空优势时还可以凭借着防御纵深继续生存打持久战，甚至还可以进行穿插包围突入敌人后方。
但岛屿作战……敌人的后方是海，身在岛屿的部队永远也无法穿插，而且岛屿也没有纵深可言，在失去补给的情况下根本就无法生存于是也无法打持久战。
于是丰田副武干脆就放任岛屿防御的混乱和薄弱不管，专注海空队伍的组织和准备，这也造成马里亚纳群岛的火炮掩体几乎没有，地雷和铁丝网也没铺设，总体防御根本谈不上坚固。