孔有德被毛承禄一剑刺中要害，最终伤重不治身亡。
至此，闹得沸沸扬扬的山东、登莱之乱，随着贼首孔有德身亡，李九成、耿仲明、耿仲裕、毛承禄的被擒而落下帷幕，官军取得了大胜，仅用了两月时间便平定了这次叛乱，并且五大贼首无一漏网。
原本的历史上，孔有德之乱前后一直持续了一年多时间，期间官军与叛军反复拉锯，并损失了谢琏、徐从治、朱万年等朝廷大员。直到崇祯五年的十月，朱大典、吴襄、祖宽、刘良佐等人才率领各路大军攻进登州，并击毙李九成。
但孔有德、耿仲明等人却率领残部经海上逃往盖州，并于崇祯六年四月投降后金。并从此引发了大明军将降金的热潮，使得大明愈加孱弱，而后金实力则越来越强盛。
现在由于有了墨离这个异数，登莱之乱提早了一年时间被平定，使得民众少受了许多战乱之苦，最重要的是，没有给后金输入任何军事实力。
叛军俘虏多达五六万人，如何安排解决这些人的去处，也成了一个问题。
对于那些愿意加入官军以及那些原本就是官军的叛军俘虏，朱大典经过挑选和审查后，将他们打乱建制，重新编入官军，毕竟，山东、登莱两地现在也是缺乏兵员，需要重组军队维护稳定。
这一部分人一共有一万一千人，其中大部分被编入朱大典的鲁兵，以及登莱两府的驻军。新辽军和辽东祖家各补充了一千兵员，其他的基本上都分配到山东和登莱了。
原登莱巡抚孙元化，在孔有德南下之时，有感于老巡抚以前的收留之恩，便将他释放出城。
孙元化出城后，前往莱州，本想继续向朝廷请求招抚孔有德，使其不再叛乱，但不久便被锦衣卫带走，押回京师候审。
抓捕孙元化之后，朝廷又任命谢琏为登莱巡抚，徐从治为登莱总兵。
攻下登州后，谢琏和徐从治也将从莱州搬到登州履任。
只待朝廷的封赏一下，朱大典、祖大成、曹变蛟和墨离等各部将各自归建制，该回哪还回哪去。
在朝廷旨意下来之前，这些叛军俘虏还得安排好，免得再生祸乱。
除了收编的那一万一千俘虏，尚有五万两千人，这些人如果不安排好去处，没有粮食果腹，很容易又再次聚众造反。
不过这些人当中大多数都是登莱和山东两地的百姓，有不少人在本地还有家室，对那些被胁迫从贼的，没有犯下什么大罪恶的，朱大典、墨离承诺过可以让他们回家种田，不再追究。
在发了一笔银两给他们做遣散费后，这部分人不少，共有三万七千余人，因此这笔遣散费用也很是庞大。
好在从叛军中也缴获了不少金银之物，反正这些银子本来就是从百姓中搜刮来的，现在拿来给他们维持生活，倒也算是取之于民用之于民了。
最后一万五千人，墨离经过和朱大典等人商量后，打发他们去陵川让当地官府安置。
至于李九成、耿仲明和毛承禄等贼首，自然是要押解进京，献俘阙下的了。这个工作由祖大成率领本部人马负责押解，等献完俘，祖大成和吴三桂等人就直接回宁远了。
墨离对献俘没有任何兴趣，也根本不想进京面圣，所以便也不和祖大成去争这个在别人看来千载难逢的机会。
经过对几个贼首的分开审讯，尽管毛承禄没有承认，但是墨离却也猜到了他为什么要阻止孔有德他们投降官军了，唯一的解释就是，毛承禄暗中和鞑子有勾结，知道自己的事情容易败露，而朝廷一旦得知，定然不会轻饶了他，所以他才百般阻止孔有德归降官军，甚至不惜亲手杀了孔有德。
不过这些事情墨离已经没有兴趣知道了，也不想深究其中的秘辛，反正这些事有朝中衮衮诸公操心。而他该操心的人，则在陵川城。
墨离本来想告个假回陵川去看看林果，还有自己那刚出世还没见过面的儿子，不知道他长得像谁呢？
但是想到现在崇祯对自己不待见，现在这个时候还是多一事不如省一事，于是便在登州耐心的等待皇上的圣旨。
北京，紫禁城。
太和殿里，崇祯眉头紧皱，心事重重。
王嘉胤、王自用、高迎祥、罗汝才、张献忠等人的十余万大军在怀庆府和卫辉府一带与卢象升率领的官军遭遇，连战数场，被卢象升打得大败。
被击败的农民军见势不妙，因意见不合分作了两部，一部以高迎祥、罗汝才、李自成等人为首，自平阳府北上，转战山西、陕西。