以线膛炮大了几倍的冲击力，根本不是木制战舰所能承受的，因此各舰队的三号战船和长江舰队的潜水重炮舰才换装了这样的火炮。今天的运河号正是利用线膛炮的远射程，才如此轻松的从江面上一直打到狮子山，摧毁了那里并不算坚固的炮台，并将驻守此地的所有碗口铳和佛郎机统统摧毁了。
舰炮的射击声就是总攻的信号，紧接着陆军各师的重炮营也纷纷开始了对各处炮台的轰击。短短十五分钟五个炮台就被大量6公斤攻城炮全部摧毁了，与此同时各级配属的2公斤行营炮对着各个城门猛轰，步兵则开始了攻城。
唐军并未采取旧有的密集阵型发起冲锋，而是采用十分松散的散兵线冲锋，同时以神枪手对着城头弓箭手进行压制，这大大增加了明军的拦截难度。
唐军一轮轮的精确炮击，让城头的明军士兵不断死伤，黄得功却不得不让一批批的士兵上去送死，以免拱手将城头送给对方。为了当初唐军的进攻，黄得功征调了城中所有青壮登城守御，却还是免得捉襟见肘。
这个以当年孙权所建石头城为根本，又历经多代统治者尤其是宋代加建之后，城墙已经十分高厚，但随地势变化形成不规则形状的城墙却让守卫者很难集中兵力，多达十三个城门彻底摊薄了黄得功的兵力。
在这种情况下唐军却能发挥兵力优势，从各个城门一起发动进攻，让黄得功根本照应不过来。很快仪凤门就被攻破了，这是在长江舰队的掩护下，渡江而来的海军陆战队一个营造成的战果。面对只有七百多人的一个营，明军三千人却根本守不住，因为他们难以抵挡长江上密集的舰炮覆盖。仅仅半个时辰的攻击，三千明军死伤五百多人，剩下的全都失去了作战勇气逃散了。
仪凤门突破之后，钟阜门和金川门很快也被攻克了，那里的守军腹背受敌根本就挡不住唐军的进攻。入城的唐军很快由北向南扫荡，一举攻入了城北的大营仓库。这里放置着明军最多的守城物资和粮食，此地一失黄得功更加被动了。
黄得功也没有想到，城墙高厚防守严密的南京城会如此快就被攻破，他还来不及转运物资仓库就被占领了，紧接着他自己的指挥部北兵马司衙门也被占据，他本人只好退往皇宫。
临战时指挥部的迁移，尤其在这个通讯很困难的年代，对守军简直是致命性的。因为联络不到黄得功，各地守城部队还以为他跑了，加上唐军的压力太大，士兵们纷纷撤退或者投降。等到黄得功重新建立指挥部，各城门都已经失守了，近万守军已经投降。
面对着几乎是不对等的战斗，明军毫无还手之力，唐军很快突破了太平街的防守，一口气攻入了西华门，黄得功也中炮身亡。马士英和阮大铖将所有官员和家眷都逼入了皇城之内，此时见到已经难有回天之力，立刻命人疯狂的大肆砍杀，结果整个皇城完全变成了屠宰场。等到唐军攻进来的时候，官员及其家属已经被马士英手下军士杀得差不多了，就连弘光帝和他后宫的那些女人也没有幸免。